Neen, die ontbrekende massa is niet omgezet in energie, het WAS al energie die in de massa zat. Het misverstand ontstaat doordat energie zich manifesteert als massa. Zoals letterlijk op Wikipedia staat: de wet van behoud van energie blijft geldig, de wet van behoud van massa vervalt.
Letterlijk citaat vanop Wiki:
Bij een kernreactie neemt de massa af en er komt energie vrij (in de vorm van straling en warmte), maar die energie zat al in de kern. Het was bijvoorbeeld interne bewegingsenergie (kerndeeltjes die met grote snelheid om elkaar heen bewegen, de beweging van de quarks), potentiële energie (positief geladen protonen die vlak bij elkaar zitten), en meer abstracte vormen die men 'veldenergie' zou kunnen noemen. Het is dus niet correct te zeggen dat bij die kernreactie "massa is omgezet in energie". De energie was al aanwezig. Wel is er inwendige energie, 'zichtbaar' als massa, omgezet in uitwendige energie (straling en warmte), die zich niet manifesteert als massa. Met andere woorden, de Wet van behoud van energie is gewoon geldig; alleen de Wet van behoud van massa wordt door de massa-energierelatie ongeldig.
EDIT: volgens mij ontstaat de verwarring door de termen 'massa' en 'materie'. Massa betekent in de fysica de hoeveelheid inertie, los van het volume of het relatieve gewicht van een hoeveelheid materie. Overigens geldt E=MC² dus niet alleen voor kernreacties, het geldt voor ALLES, het betekent niets anders dan wat ik hier boven al zei: meet de massa van een hoeveelheid materie en je kent meteen de energie. Een klomp gloeiend hete steenkool zal dus iets meer massa (en DUS energie!) hebben, maar net dezelfde materie als een gelijke koude klomp steenkool.

 Geeeeeuuuw!